其实SMB是可以做到不同文件夹针对不同登陆用户的权限设置的，但是是分文件（夹）管理，设置起来比较麻烦，没法统一管理。最重要的是，不管是使用者还是管理者，在设置大量文件后会遗忘某个文件夹分配了什么权限，造成安全漏洞。同时，还有权限层层嵌套产生的各种逻辑问题。
并且，SMB服务器（或NAS）是按文件结构明文存储的，换句话说就是获得存储服务器访问权限的人就能拿到所有文件。在技术角度也是不安全的。
其他如跨网问题、并发量问题、文件删除后的恢复问题….就不一一赘述了。
所以，用SMB来管理重要资料是有一定风险的，并不建议在生产环境中使用。可能在5用户以下，并且使用者之间有信任的前提下（文件大家都拿到也无所谓）SMB是一种免费且方便的共享方式。
而答主的场景，40台电脑、两个网段、有一台存储服务器….建议使用企业网盘。
企业网盘在权限管理、安全、协同工作方面还是有不少得天独厚的优势的。
40用户这个量级，使用公有的SAAS版本企业网盘性价比还是比较高的。如果想充分利用存储服务器也可以私有化。建议尝试试用几个主流的企业网盘再做决定。这里，推荐试用下我们的产品，巴别鸟企业网盘。公有直接注册使用和私有化部署我们都支持。
如果受限于预算，同时动手能力比较强，也可以采用开源的企业网盘部署。但要在生产环境使用的话最好做好数据备份
。
开源的网盘系统中，比较好的是：Nextcloud
NextCloud企业管理功能比较弱，但比SMB也强大好用不少。